El origen de ACISJF está en Suiza, donde se constituyó en 1896. Llegó a España en 1904 implantándose en Madrid, donde inició una labor de prevención en las estaciones de tren con las mujeres que llegaban del medio rural a la ciudad en busca de una vida mejor. En ese contexto histórico e influenciada por el legado de las mujeres Beguinas, la presidenta de la Asociación comienza a formar parte del Real Patronato de Lucha contra la Trata de Blancas, y la entidad inicia su andadura, de la mano de mujeres religiosas y comprometidas con la acción social, para una respuesta integral a la situación de riesgo en la que se encontraban, en aquel entonces, las jóvenes que llegaban del ámbito rural a la gran ciudad en busca de una vida mejor.
Considerada como una de las primeras entidades feministas de la historia de España, la Federación realiza desde entonces una labor de acompañamiento a la mujer en situación de extrema vulnerabilidad, desde un enfoque de Derechos basado en Género Interseccional.
Así, a lo largo de 120 años de trayectoria social documentada, -la documentación previa a 1904 fue destruida durante la Dictadura de Franco-, y liderada única y exclusivamente por mujeres, la Federación ha destinado todos sus esfuerzos en satisfacer las necesidades prácticas (alojamiento, manutención) y estratégicas (formación e inserción laboral) de mujeres, niñas y niños, impactados por múltiples intersecciones, desde la sororidad, para erradicar las condiciones de desigualdad que generan violencias.